Modèle fiche de prep séquence

Posted By on February 16, 2019 in Uncategorized | 0 comments

BaseSpace Sequence Hub propose diverses solutions d`analyse par bouton-poussoir et des workflows prêts à l`emploi, contrôlés par la version. Il prend également en charge la configuration de pipeline simple, sécurisée et efficace pour les workflows d`analyse personnalisés. BaseSpace Sequence Hub est conçu pour permettre une collaboration sécurisée et contrôlée par l`audit entre les groupes de recherche. Les fonctionnalités de gestion et de partage des données, telles que les groupes de travail, vous permettent de partager des projets et de s`exécuter en toute sécurité avec des collaborateurs sans nécessiter de téléchargements de fichiers. BaseSpace Sequence Hub dispose d`un programme de sécurité des informations qui exploite l`infrastructure Amazon Web services et fournit plusieurs couches de sécurité. Son programme de gestion des risques est conforme aux spécifications du rôle de sécurité de la Loi sur la portabilité et la responsabilité de l`assurance-maladie (HIPAA) et de la règle de notification des violations de la technologie de l`information sanitaire pour la santé économique et clinique (HITECH). Avec BaseSpace Sequence Hub, vous pouvez utiliser des API extensibles pour vous intégrer à vos systèmes informatiques internes. Les outils basés sur la ligne de commande et le navigateur Web vous aident à interagir, gérer et analyser facilement les données. BaseSpace Sequence Hub exploite un système de gestion de la qualité complet. Il a été contrôlé et certifié de manière indépendante conformément aux normes ISO 13485 pour la conception, le développement, la fabrication, la distribution, l`installation et l`entretien des logiciels de séquençage.

Illumina a été certifié par BSI selon la norme ISO 13485 sous le numéro de certificat FM565017. Abonnement annuel BaseSpace Sequence Hub Enterprise en tant que composant clé de la suite BaseSpace, BaseSpace Sequence Hub est une extension directe de vos instruments Illumina. Flux de données chiffré de l`instrument dans BaseSpace Sequence Hub, vous permettant de gérer et d`analyser vos données facilement avec un ensemble d`applications d`analyse organisée. BaseSpace Sequence Hub: BaseSpace Sequence Hub est une plate-forme de sécurité d`abord qui a été vérifiée de manière indépendante et certifiée pour la conformité HIPAA, ISO 27001 et ISO 13485. Il est conçu pour permettre la confidentialité des données et la conformité au RGPD et inclut le cryptage de bout en bout, l`audit et le contrôle d`accès précis. Les données de CATCH-nanopore et de CATCH-NGS ont été déposées dans les Archives de la séquence de lecture (SRA, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) sous le numéro d`accession SRP133472. Les données de couverture du chromosome 17 ont été téléchargées aux sessions publiques de l`UCSC sous le nom de «CATCH (https://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=hilasha&hgS_otherUserSessionName=CATCH%20BRCA1) TestStand utilise l`emplacement du fichier de séquence et l`existence de la variable globale de fichier ModelPluginComponentDescription pour identifier les plug-ins. Étant donné que TestStand charge et inspecte tous les fichiers de séquence dans le niveau supérieur des répertoires ModelPlugins et des répertoires ModelPluginsAddons, vous devez placer tous les fichiers de séquence de prise en charge qu`un modèle de plug-in appelle dans un répertoire différent. Pour l`extraction de l`ADN bactérien, les cellules E. coli K-12 MG1655 ont été cultivées en LB, et les cellules de phase logarithmique ont été incorporées dans des bouchons de gel d`d`agarose à faible fusion à une concentration de 2 × 109 cellules/ml comme décrit précédemment (bioRxiv https://doi.org/10.1101/110163).

Pour l`extraction de l`ADN de poids moléculaire élevé chez l`homme, les cellules mononucléaires du sang périphérique (PBMC) ont été isolées du sang périphérique d`un donneur sain par centrifugation par gradient de densité à l`aide de Ficoll paque plus (GE Healthcare) selon le fabricant Instructions. Pour la préparation des bouchons d`d`agarose, 1 × 106 cellules humaines ont été lavées deux fois avec du PBS, resuspendues dans le tampon de suspension cellulaire (kit d`extraction d`ADN mammalien CHEF, BIO-RAD) et incubées à 43 ° c pendant 10 min. Deux pour cent d`d`agarose à faible fusion (l`d`agarose de CleanCut, le BIO-RAD) a été fondu à 70 ° c suivi d`une incubation à 43 ° c pendant 10 min. l`d`agarose fondu a été ajouté aux cellules resuspendues à une concentration finale de 0,7% et mélangée doucement. Le mélange a été immédiatement jeté dans un moule à bouchon et les bouchons ont été incubés à 4 ° c jusqu`à solidifié. Les bouchons ont été incubés deux fois (incubation de 2 h suivie d`une incubation de nuit) à 50 ° c avec 200 μl de protéinase K (concentration en stock de 20 mg/ml, Sigma) dans 2,5 ml de tampon de lyse (100 mM EDTA, pH 8,0, 0,2% (p/v) de sodium Désoxycholate, 1% sarcosine) avec agitation occasionnelle.